Tháng 8 năm Mậu Thân (7 tháng 9 năm 1788), lợi dụng khi quân Tây Sơn đang bận tái lập trật tự Bắc Hà và đánh quân Thanh, Nguyễn Ánh đánh chiếm được Sài Gòn và biến nơi đây thành cơ sở chống lại Tây Sơn.

Hai năm sau, 1790, Nguyễn Ánh chọn đất Sài Gòn làm kinh đô, tên là Gia Định kinh; rồi ông nhờ hai người Pháp là Olivier de Puymanel (Việt danh là "Ông Tín"[2]) và Théodore Lebrun là 2 sĩ quan công binh người Pháp đi theo giám mục Bá Đa Lộc vẽ họa đồ thành theo kiểu châu Âu[3] kết hợp với bản vẽ quy hoạch của Trần Văn Học[4]. Thành được xây dưới sự chỉ huy của Tôn Thất Hội[5] với gần 30.000 dân phu được huy động,[6] với tường thành cao mười lăm thước mộc, tính ra lối bốn thước tây lẻ tám tấc (khoảng 4 m 8), toàn bằng đá ong Biên Hòa kiểu "lục lăng"[2], nhằm củng cố chân đứng của mình trên đất Gia Định.

Tháng 7 năm Nhâm Tý (1792), vua Quang Trung Nguyễn Huệ của nhà Tây Sơn băng hà, triều Tây Sơn lục đục nội bộ và rơi vào khủng hoảng, Nguyễn Ánh nhanh chóng tổ chức phản công và ông đánh bại nhà Tây Sơn sau đó nhiều năm. Sau khi tiêu diệt nhà Tây Sơn, Nguyễn Ánh lên ngôi vua, hiệu là Gia Long, rồi dời kinh đô từ Gia Định kinh (Sài Gòn) về Huế.[7]

Năm 1811, kinh thành Huế được làm xong thì Gia Định kinh được đổi thành Gia Định thành (cao hơn cấp trấn) và trở thành thị sở của quan Tổng trấn Nam Kỳ.

Đến đời vua Minh Mạng, năm 1830, Lê Văn Khôi, con nuôi của Lê Văn Duyệt, nổi loạn, đánh chiếm lấy thành Bát Quái và biến nơi đây thành căn cứ chính cho cuộc nổi dậy của mình từ năm 1833 đến 1835. Sau khi đánh bại Lê Văn Khôi rồi, vua Minh Mạng đã cho phá thành Bát Quái để lập thành Gia Định mới năm 1837. Chính vì sự phá hủy này mà thành Bát Quái còn bị gọi Gia Định phế thành.[2]